Development of superagonist ligands for the vitamin D nuclear receptor, AMCR277A, -B and 2MeAMCR
Notice bibliographique
Résumé
Phytochromes of plants, fungi, algae and bacteria are the photoreceptors that bind linear tetrapyrroles and show reversible photoconversion between red-absorbing form (Pr) and far-redabsorbing form.Cyanobacteriochromes with various spectral properties are the recently emerged photoreceptors that are distinctive relative of the phytochromes.Among them, AnPixJ-GAF2 from cyanobacterium Anabaena sp.PCC 7120 is a novel photoreceptor that covalently binds phycocyanobilin and shows green/red reversible photoconversion.It is suggested that the Pr form of AnPixJ-GAF2, which corresponds to that of phytochrome, is photoconverted to unusual blue-shifted green-absorbing form (Pg) via phytochromelike intermediate states.To get structural insights into this unique photoconversion mechanism, we tried to crystallize AnPixJ-GAF2 in both forms.As a result, we obtained blue crystals of the Pr form by hanging-drop vapor diffusion method.The crystals belong to space group P43212 and contain one monomer in an asymmetric unit.The crystal structure was solved at 1.8 Å resolution by iodide-SAD method.The overall structure and the chromophore structure of the Pr form are very similar to those of the Pr forms of bacterial phytochromes, although relative position of the chromophore to the apoprotein is significantly deviated.In correspondence with the deviation, amino acid residues surrounding the chromophore are quite diverged.Nevertheless, we can point out a common structural feature conserved between the two Pr forms.Moreover, some residues unique to AnPixJ-GAF2 are suggested to be crucial for the formation of the unusual Pg form.These results shed light on the universal and unique aspects of photosensory mechanism of phytochromes and cyanobacteriochromes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».