Localisation and protein-protein interactions of the Helicobacter pylori taxis sensor TlpD and their connection to metabolic functions
Notice bibliographique
Résumé
The Helicobacter pylori energy sensor TlpD determines tactic behaviour under low energy conditions and is important in vivo. We explored protein-protein interactions of TlpD and their impact on TlpD localisation and function. Pull-down of tagged TlpD identified protein interaction partners of TlpD, which included the chemotaxis histidine kinase CheAY2, the central metabolic enzyme aconitase (AcnB) and the detoxifying enzyme catalase (KatA). We confirmed that KatA and AcnB physically interact with TlpD. While the TlpD-dependent behavioural response appeared not influenced in the interactor mutants katA and acnB in steady-state behavioural assays, acetone carboxylase subunit (acxC) mutant behaviour was altered. TlpD was localised in a bipolar subcellular pattern in media of high energy. We observed a significant change in TlpD localisation towards the cell body in cheAY2-, catalase- or aconitase-deficient bacteria or in bacteria incubated under low energy conditions, including oxidative stress or respiratory inhibition. Inactivation of tlpD resulted in an increased sensitivity to iron limitation and oxidative stress and influenced the H. pylori transcriptome. Oxidative stress, iron limitation and overexpressing the iron-sulfur repair system nifSU altered TlpD-dependent behaviour. We propose that TlpD localisation is instructed by metabolic activity and protein interactions, and its sensory activity is linked to iron-sulfur cluster integrity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».