Validation of Methods for Oropharyngeal Cancer HPV Status Determination in US Cooperative Group Trials
Notice bibliographique
Résumé
Tumor human papillomavirus (HPV) status is a prognostic factor for oropharyngeal cancer, but classification methods are not standardized. Here we validate the HPV classification methods used in US cooperative group trials. Tumor DNA and RNA purified from 240 paraffin-embedded oropharyngeal cancers diagnosed from 2000 to 2009 were scored as evaluable if positive for DNA and mRNA controls by quantitative polymerase chain reaction (PCR). Eighteen high-risk (HR) HPV types were detected in tumors by consensus PCR, followed by HR-HPV E6/7 oncogene expression analysis by quantitative reverse transcriptase PCR. The sensitivity (S), specificity (SP), and positive (PPV) and negative predictive values (NPV) of p16 expression detected by immunohistochemistry (IHC) and HPV16 detected by in situ hybridization (ISH) were evaluated in comparison with HR-HPV E6/7 oncogene expression. Interrater agreement among 3 pathologists was evaluated by κ statistics. Of 235 evaluable tumors, 158 (67%; 95% confidence interval, 61.2-73.3) were positive for HR-HPV E6/7 oncogene expression [HPV type 16 (92%), 18 (3%), 33 (3%), 35 (1%), or 58 (1%)]. p16 IHC had high sensitivity (S 96.8%, SP 83.8%, PPV 92.7%, and NPV 92.5%), whereas HPV16 ISH had high specificity (S 88.0%, SP 94.7%, PPV 97.2%, and NPV 78.9%) for HR-HPV oncogene expression. Interrater agreement was excellent for p16 (κ=0.95 to 0.98) and HPV16 ISH (κ=0.83 to 0.91). Receiver operating curve analysis determined the cross-product of p16 intensity score and percentage of tumor staining to optimally discriminate HR-HPV E6/7-positive and HR-HPV E6/7-negative tumors. p16 IHC and HPV16 ISH assays show excellent performance, with high sensitivity and specificity, respectively. A new validated H-score for p16 IHC assessment is proposed. Appropriate assay choice depends on clinical implications of a false-positive or false-negative test.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,643 | 0,682 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,006 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».