Notice bibliographique
Résumé
The five adaptor protein (AP) complexes function in cargo-selection and coat-recruitment stages of vesicular transport in eukaryotic cells. Much of what we know about AP complex function has come from experimental work using Saccharomyces cerevisiae as a model. Here, using a combination of comparative genomic and phylogenetic approaches we provide evolutionary context for the knowledge gained from this model system by searching the genomes of diverse fungi as well as a member of the sister group to all fungi, Fonticula alba, for presence of AP subunits. First, we demonstrate that F. alba contains all five AP complexes; whereas, similar to S. cerevisiae, most fungi retain only AP-1 to 3. As exceptions, the glomeromycete Rhizophagus irregularis maintains a complete AP-4 and chytrid fungi Spizellomyces punctatus and Batrachochytrium dendrobatidis retain partial AP-4 complexes. The presence of AP-4 subunits in diverse fungi suggests that AP-4 has been independently lost up to seven times in the fungal lineage. In addition to the trend of loss in fungi, we demonstrate that the duplication that gave rise to the β subunits of the AP-1 and AP-2 complexes in S. cerevisiae occurred before the divergence of F. alba and Fungi. Finally, our investigation into the AP complement of basal fungi (Microsporidia and Cryptomycota) demonstrates that while the cryptomycete Rozella allomyces contains an adaptin complement similar to other fungi, the extremely reduced Microsporidia retain, at most, a single cryptic AP complex in the absence of clathrin or any other putative AP-associated coat protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,039 | 0,020 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».