Detection of carbapenemase activity in Enterobacteriaceae: comparison of the carbapenem inactivation method versus the Carba NP test: Table 1.
Notice bibliographique
Résumé
Sir, Carbapenem resistance mediated by plasmid-encoded carbapenemases has emerged worldwide and become a major concern.1 The detection of the activity of carbapenemases has a strong impact on hospital infection control, because the detection of their presence can initiate measures to avoid potential outbreaks and lateral spread of the resistance. Although molecular detection by PCR is considered the gold standard for carbapenemase gene identification, some limitations are clearly recognized. Between them, false-negative results (the presence of a carbapenemase gene not tested in the PCR reaction, or mutations affecting annealing of primers) or the detection of inactive genes (i.e. no carbapenemase expression) can delay infection-control measures or, oppositely, initiate them when they are not required. A fast and accurate phenotypic method, the Carba NP test (CNPt), was developed; it detects carbapenemase activity with very high sensitivity and specificity and lower costs compared with those of PCR.2 This method is now being recommended in the CLSI guidelines for carbapenemase activity detection.3 However, recent studies have shown that this test has lower sensitivity particularly against isolates expressing β-lactamases with low carbapenemase activity, such as OXA-48-like, or expressing mucoid colonies.4,5 Another new test, the carbapenem inactivation method (CIM), has shown very promising results based on its sensitivity, specificity, low cost and easy interpretation.6 Briefly, the CIM consists of two steps: (i) incubation of a meropenem disc with the isolate to be tested; and (ii) incubation of this meropenem disc with the Escherichia coli ATCC strain. After this second incubation step, the presence of carbapenemase activity can be easily detected: the absence of an inhibition zone indicates enzymatic hydrolysis of meropenem during the first incubation step, whereas a ‘clear inhibition zone’ appears when the tested isolate does not express carbapenemase activity.6 The goal of this study was to compare the performance of the CIM and the CNPt against a panel of well-characterized enterobacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».