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Enregistrement W2321070540 · doi:10.1055/s-0032-1320282

Applications of metabolimcs to medicinal plants for scientific study and drug discovery

2012· article· en· W2321070540 sur OpenAlexaff
PN Brown, SJ Murch

Notice bibliographique

RevuePlanta Medica · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueFlavonoids in Medical Research
Établissements canadiensUniversity of British Columbia, Okanagan CampusUniversity of British ColumbiaBritish Columbia Institute of Technology
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMetabolomicsDrug discoveryMetabolomeIdentification (biology)Computational biologyBiochemical engineeringComputer scienceData scienceBiologyBioinformaticsEngineeringBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The term "metabolomics" was developed 10 years ago to describe the untargeted identification and quantification of all of the small metabolites in a biological sample. Over the last decade, researchers have been working to develop methodological approaches, standards, data analysis tools and new technologies that enable metabolome studies. Medicinal plants are ideal candidates for investigations by metabolomics as research questions often involve quantification multiple bioactive or marker compounds, synergy between molecules and complex interactions within a system. It has been estimated an average leaf sample could contain up to 30,000 compounds; the vast majority of which have never been isolated, identified or described. In metabolomic profiles we have observed 2,500 compounds in St. John's wort, 4,800 in Scutellaria baicalensis, and 5,200 in cranberries. By comparing metabolomes of different extracts and focusing the statistical analysis on unknowns in each sample, we have identified previously undiscovered compounds required for medicinal activity leading us to propose an alternate "Metabolomics-Based Drug Discovery Pipeline". Key factors for success are production of standardized active plant extracts and statistical methods to evaluate data quality thereby minimizing potential false discovery. This approach has the advantage of providing basic chemical information on compounds not sufficiently stable to withstand purification processes and could lead to a greater understandings of chemical synergy and the interactions of medicinal plants with human metabolism.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,479
Score d'incertitude au seuil0,403

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,383
Écart entre enseignants0,341 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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