Catalytic promiscuity and mechanistic determinants of ODCase – a high-resolution investigation
Notice bibliographique
Résumé
Sessions 4as problem to be solved.We determined a crystal structure of a complex of ArgRS from Pyrococcus horikoshii, tRNA Arg CCU and ATP analog with Rfactor = 0.215 (Rfree = 0.259) at 2.0 Å resolution and could give one solution for this problem using newly obtained structural information about position of ATP.The experimental results show that the ArgRS protein lacking the additional N-terminal domain characteristic for ArgRS possesses sufficient catalytic activity in the aminoacylation reaction for tRNA.Modeling of relative positions of amino acid, Ade76 of tRNA and ATP on ArgRS was made to find the suitable position to tRNA-assisted formation mechanism of Arg-AMP.It was found that formation of hydrogen bond between 2'OH of Ade76 of tRNA and O2 of carboxy group -C-O2H=O1 of arginine can be achieved in one conformation by rotation around C α-C of carboxy group.In ATP-PPi exchange reaction at low pH, reversible conversion between C=O1 and C-O1-Pα is controlled by the formation of this hydrogen bond.On the other hand, at pH8.0, experimental results in the deacylation reaction of Arg-tRNA is also understood by mechanism that NH + of guanidium group -N + H=C-(NH2)2 of Arg-tRNA donates a proton to C=O2 of ester bond of Arg-tRNA, resulting in carbonium C + -O2H.We discuss in detail these mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».