Aspartic Protease Nepenthesin-1 as a Tool for Digestion in Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Hydrogen/deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HXMS) utilizes enzymatic digestion of proteins to localize the information about altered exchange patterns in protein structure. The ability of the protease to produce small peptides and overlapping fragments and provide sufficient coverage of the protein sequence is essential for localizing regions of interest. Recently, it was shown that there is an interesting group of proteolytic enzymes from carnivorous pitcher plants of the genus Nepenthes. In this report, we describe successful immobilization and the use of one of these enzymes, nepenthesin-1, in HXMS workflow. In contrast to pepsin, it has different cleavage specificities, and despite its high inherent susceptibility to reducing and denaturing agents, it is very stable upon immobilization and withstands even high concentration of guanidine hydrochloride and reducing agents. We show that denaturing agents can alter digestion by reducing protease activity and/or substrate solubility, and additionally, they influence the trapping of proteolytic peptides onto the reversed phase resin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».