Ultra-low-input native ChIP-seq for rare cell populations
Notice bibliographique
Résumé
Combined chromatin immunoprecipitation and next generation sequencing \(ChIP-seq) has become an extremely popular method to generate genome-wide epigenetic pro les from numerous cell lines and tissue types.Typical ChIP-seq experiments require large number of cells, making them ill-adapted to the study of rare cell populations.This procedure describes an ultra-low-input \(ULI) micrococcal nucleasebased native ChIP \(NChIP) and sequencing library construction method to generate genome-wide chromatin pro les from as few as 10 3 cells \(Brind'Amour et al., 10.1038/ncomms7033).In addition, ULI-NChIP-seq has been validated in vivo, by generation of H3K9me3 and H3K27me3 pro les from E13.5 primordial germ cells isolated from single embryos \ (Liu, Brind'Amour et al., 10.1101/gad.244848.114).ULI-NChIP-seq should be useful to generate high quality and complexity libraries from rare cell populations, allowing to decrease colony breeding size or to analyze rare clinical samples.Due to often variable cell numbers obtained during isolation of in vivo cell population, the procedure described here allows for exibility, with some suggestions on adaptation of buffer or volume conditions at various points during the procedure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».