Portal protein diversity and phage ecology
Notice bibliographique
Résumé
Recent whole-genome cyanophage sequencing (Sullivan et al., 2010) has revealed that the sequences of some genes do not match those published previously as single-gene sequences derived from DNA fragments PCR-amplified from phage isolates. Specifically, the g20 gene sequences for S-SSM7 (gene GI:189397276, protein GI:189397277) and Syn33 (gene GI:189397306, protein GI:189397307) in Sullivan and colleagues (2008) were incorrect. The revised sequences do not alter g20 tree topology or the conclusions of Sullivan and colleagues (2008). The source of error for these gene sequences is not certain, but could have its origin in either a clerical error, PCR contamination and/or mixed phage stocks. On this latter point, it has recently come to light that triplicate plaque purifications do not always result in pure stocks for these cyanophages, possibly due to the fluid consistency of the agarose plates (0.28% agarose) required for growth of the host. More reliable purification procedures have subsequently been developed. However, as mixed phage stock preparations could influence host range, we recommend that published host range data (Sullivan et al., 2003) be verified before their use in further research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,028 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».