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Enregistrement W2322544830 · doi:10.1021/bm301045b

Probing the Effects of Lipid Substitution on Polycation Mediated DNA Aggregation: A Molecular Dynamics Simulations Study

2012· article· en· W2322544830 sur OpenAlexafffund
Chongbo Sun, Tian Tang, Hasan Uludağ

Notice bibliographique

RevueBiomacromolecules · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Interference and Gene Delivery
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesAlberta Innovates - Technology FuturesCompute Canada
Mots-clésPolyethylenimineChemistryDNA condensationDNAMolecular dynamicsBiophysicsNile redGene deliveryBiochemistryGeneTransfectionComputational chemistryBiologyFluorescence

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Understanding the molecular mechanism of DNA aggregation and condensation is of importance to DNA packaging in cells, and applications of gene delivery therapy. Modifying polycations such as polyethylenimine with lipid substitution was found to improve the performance of polycationic gene carriers. However, the role of the lipid substitution in DNA binding and aggregation is not clear and remains to be probed at the molecular level. In this work, we elucidated the role of lipid substitution through a series of all-atom molecular dynamics simulations on DNA aggregation mediated by lipid modified polyethylenimine (lmPEI). We found that the lipids associate significantly with one another, which links the lmPEIs and serves as a mechanism of aggregating the DNAs and stabilizing the formed polyplex. In addition, some lipid tails on the lmPEIs stay at the periphery of the lmPEI/DNA polyplex and may provide a mechanism for hydrophobic interactions. The enhanced stability and hydrophobicity might contribute to better cellular uptake of the polyplexes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,490

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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