The role of CTCF in coordinating the expression of single gene loci
Notice bibliographique
Résumé
The CCCTC-binding factor (CTCF), which binds insulator elements in vertebrates, also facilitates coordinated gene expression at several gene clusters, including the β-globin, Igf2/H19 (insulin like growth factor 2/H19 noncoding RNA), and major histocompatibility complex (MHC) class II loci. CTCF controls expression of these genes both by enabling insulator function and facilitating higher order chromatin interactions. While the role of CTCF in gene regulation is best studied at these multi-gene loci, there is also evidence that CTCF contributes to the regulated expression of single genes. Here, we discuss how CTCF participates in coordinating gene expression at the CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) and IFNG (interferon-gamma) loci. We consider the structural similarities between the loci with regard to CTCF-binding elements, the possible interaction between nuclear receptors and CTCF, and the role of CTCF in chromatin looping at these genes. These comparisons reveal a functional model that may be applicable to other single-gene loci that require CTCF for coordinated gene expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».