P1-S1.38 Emergence of<i>Neisseria gonorrhoeae</i>isolates With decreased susceptibilities to Ceftriaxone and Cefixime in Canada - 2001–2010
Notice bibliographique
Résumé
Background In Canada, the susceptibilities for ceftriaxone and cefixime inNeisseria gonorrhoeaeare gradually decreasing and there has been a shift in the modal minimum inhibitory concentrations (MICs) from 0.016 μg/ml in 2000 to 0.032 μg/ml in 2008. We examined the phenotypic and genetic characteristics ofN gonorrhoeaewith decreased susceptibilities to 3rd generation cephalosporins isolated in Canada between 2001 and 2010. Methods N gonorrhoeaeisolates were collected by Canadian provincial public health laboratories. MICs were determined by agar dilution at the National Microbiology Laboratory (NML) and isolates displaying decreased susceptibilities to cefixime (MIC=0.25 mg/l and 0.5 mg/l) and ceftriaxone (MIC=0.125 mg/l and 0.25 mg/l) were examined using multi-antigen sequence typing (NG-MAST) and sequencing of resistance determinants associated with decreased cephalosporin susceptibilities (penA, mtrR, ponA, porB). Results A total of 155N gonorrhoeaeisolates with decreased susceptibility MICs to ceftriaxone and cefixime were identified from the following provinces - Ontario (53.5%, N=83); British Columbia (34.2%, N=53); Québec (12.3%, N=19). Of the 155 isolates observed with reduced susceptibility, 23 were observed between 2001 and 2007 (14.8%), whereas in 2008, 2009 and 2010 there were 84 isolates (54.2%), 23 isolates (14.8%) and 25 isolates (16.1%) observed, respectively. Thirty-eight different NG-MAST sequence types were identified among the isolates; ST-3158, ST-225 and ST-1407 were the most prevalent at 25.9%, 19.4% and 14.8%, respectively. The mtrR resistance determinants were present in 95.5% of the isolates. The penA mosaic was present in 60% of the isolates, with the most common penA mosaic types XXXII and X identified at 51.0% and 7.7%, respectively, while the non-mosaic penA type XII was identified in 36.8% of the isolates. The G101K alteration in porB was present in 97.4% of the isolates and the A102N and A102D alterations in porB were found in 49.7% and 45.8% of the isolates, respectively. L421P alterations in ponA were present in all the isolates. Conclusions In Canada,N gonorrhoeaeisolates with decreased susceptibilities to 3rd generation cephalosporins, including cefixime and ceftriaxone have increased over the years. The alterations in penA, mtrR and porB are important determinants identified in these isolates. The most common ST types identified among these Canadian isolates have also been reported worldwide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».