Identification and characterization of genes associated with IBD on chromosomal region 1q32
Notice bibliographique
Résumé
Crohn's disease (CD) is an inflammatory bowel disease (IBD) characterized by chronic inflammation. This complex trait disease appears to be the result of immune system deregulation. Genome-wide association studies (GWAS) have improved our understanding of the molecular pathways leading to IBD. A meta-analysis combining three GWASconfirmed 11 loci and identified an additional 21 new regions that contribute to Crohn's disease susceptibility (Barrett JC et al., 2008). One of these newly identified loci associated on chromosome 1q32 contains at least four genes: Chromosome 1 open reading frame 81 (C1orf81), Chromosome 1 open reading frame 106 (C1orf106), Kinesin family member 21B (KIF21B) and Calcium channel, voltage-dependant, L type, alpha 1S subunit (CACNA1S). This region has also been shown to be a susceptibility locus in ulcerative colitis (Anderson CA et al., 2009). The challenge is to put these four genes in a biological context to determine the one(s) that is important in IBD. First, using quantitative PCR, we examined the candidate genes expression in murine tissues and also in inflamed and non-inflamed biopsies from CD and non-IBD patients to determine the gene expression in tissues related to IBD. Second, we examined gene expression in immune cells lines to define an appropriated cell model for functional studies. Preliminary data show that the calcium channel, CACNA1S, is almost exclusively expressed in muscle tissues. The novel protein, C1orf106, showed a higher expression in thymus and intestine and a lower expression in inflamed intestinal biopsies compare to non-inflamed and control tissues. KIF21B showed a higher expression in brain, thymus, intestine and inflamed intestinal biopsies. Multiple primers were tested in different tissues and cell lines and expression may be limited, which agrees with expressed sequence tag data. Based on expression studies, these preliminary data suggest that CACNA1S and C1orf81 are not involved in Crohn's disease and that KIF21B and C1 or f106 are still candidate genes which will need more functional studies to determine their role in the Crohn's disease pathogenesis. This work was supported by grants from the NIDDK and the CCFA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».