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Enregistrement W2324110208 · doi:10.14288/1.0061354

Synthesis on solid phase of a bicyclic octapeptide amatoxin

2009· article· en· W2324110208 sur OpenAlexaff
Antoine Blanc

Notice bibliographique

RevuecIRcle (University of British Columbia) · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésLinkerBicyclic moleculeChemistryStereochemistrySolid-phase synthesisSodium periodateIndole testCombinatorial chemistryChemical synthesisPeptideOrganic chemistryBiochemistryIn vitro

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The α-amanitin is an excellent template for use in the design of a chemical library on solid phase in order to study the mechanisms involved in the regulation of transcription. Indeed, α-amanitin selectively inhibits with high affinity the RNA Polymerase II. The α-amanitin belongs to the amatoxin family which is characterized by a defined rigid bicyclic structure consisting of a head-to-tail cyclized octapeptide, with a transannular linkage known as a tryptathionine bridge. The latter is made via the Savige-Fontana tryptathionylation of the oxidized tryptophan derivative 3α-hydroxypyrrolo[2,3-b]indoline in neat TFA. Therefore, in order to achieve the synthesis of an α-amanitin-based library on solid phase, the linker must be stable both in TFA and during the peptide synthesis. Such a linker was found in the tartrate-based linker. As proof of this concept, following completion of the linker synthesis on solid phase, the linear octapeptide precursor of Pro²-Glu³-S-deoxo-amaninamide was prepared by standard Fmoc/tert-Bu SPPS. The tryptathionine bridge was achieved by the Savige-Fontana reaction and the second cyclization was performed by a head-to-tail macrolactamization, all on PEGA resin. The bicyclic octapeptide was cleaved off from the linker with the mild sodium periodate oxidant, purified by RP-HPLC and characterized by HRMS (ESI) and UV spectra.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2009
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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