Hydration Changes Accompanying Helix-to-Coil DNA Transitions
Notice bibliographique
Résumé
We applied ultrasonic velocimetric and high-precision densimetric measurements to characterizing the helix-to-coil transition of the GGCATTACGG/CCGTAATGCC decameric DNA duplex. The transition was induced either by temperature or by mixing the two complementary single strands at isothermal conditions. The duplex dissociation causes increases in volume and expansibility while resulting in a decrease in compressibility. Our volumetric data in conjunction with computer-generated structural information are consistent with the picture in which the duplex dissociation is accompanied by an uptake of ∼180 water molecules from the bulk phase into the hydration shell of the DNA. Analysis of our compressibility and expansibility data reveals that the single-stranded conformation is likely to exist as a heterogeneous mixture of nearly isoenergetic subspecies differing in volume and enthalpy. We use our estimate of the change in hydration to evaluate the hydration and configurational contributions to the helix-to-coil transition entropy. The duplex dissociation is accompanied by an increase in configurational entropy, ΔSconf, of ∼23 cal mol(-1) K(-1) per nucleotide, which signifies liberation of manifold frozen degrees of freedom involved in maintaining the conformational stability of the duplex and the related stiffening of the heterocyclic bases and the sugar-phosphate backbone. To the best of our knowledge, this is the first experimental estimate of the change in configurational entropy associated with the helix-to-coil transition of a DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».