Viral infection of bacteria and phytoplankton in the Arctic Ocean as viewed through the lens of fingerprint analysis
Notice bibliographique
Résumé
AME Aquatic Microbial Ecology Contact the journal Facebook Twitter RSS Mailing List Subscribe to our mailing list via Mailchimp HomeLatest VolumeAbout the JournalEditorsSpecials AME 72:47-61 (2014) - DOI: https://doi.org/10.3354/ame01684 Viral infection of bacteria and phytoplankton in the Arctic Ocean as viewed through the lens of fingerprint analysis Jérôme P. Payet1,5, Curtis A. Suttle1,2,3,4,* 1Department of Earth, Ocean and Atmospheric Sciences, 2Department of Microbiology and Immunology, 3Department of Botany, and 4Canadian Institute for Advanced Research, University of British Columbia, Vancouver, British Columbia V6T 1Z4, Canada 5Present address: Department of Microbiology, Oregon State University, Corvallis, Oregon 97331, USA *Corresponding author: suttle@science.ubc.ca ABSTRACT: Viruses are the most abundant biological entities in the oceans and play crucial roles as mortality agents and as catalysts in biogeochemical cycles. During a year-long study in the southeastern Beaufort Sea and Amundsen Gulf in the Canadian Arctic, we used denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) to investigate temporal and spatial changes in gene sequences encoding DNA polymerase B ( polB) and the major capsid protein (g23) that are specific for the virus families Phycodnaviridae and Myoviridae, which infect phytoplankton and bacteria, respectively. Multivariate analysis indicated that the genetic composition of viruses infecting phytoplankton was related to changes in productivity and hydrological conditions, as well as with changes in the potential host community, as indicated by DGGE fingerprints of 18S rDNA. In contrast, changes in the composition of viruses infecting bacteria could not be related to changes in environmental variables or DGGE fingerprints of bacterial (16S) or eukaryotic (18S) rDNA. Overall, these results document persistent and highly dynamic T4-like viruses and phycodnaviruses on the Canadian Arctic Shelf, implying that they are important in shaping microbial communities in the Arctic Ocean. KEY WORDS: Virus diversity · T4-like viruses · Phycodnaviruses · DNA polymerase B · g23 major capsid protein · DGGE fingerprint · Arctic Ocean · Marine viruses Full text in pdf format Supplementary material PreviousNextCite this article as: Payet JP, Suttle CA (2014) Viral infection of bacteria and phytoplankton in the Arctic Ocean as viewed through the lens of fingerprint analysis. Aquat Microb Ecol 72:47-61. https://doi.org/10.3354/ame01684 Export citation RSS - Facebook - Tweet - linkedIn Cited by Published in AME Vol. 72, No. 1. Online publication date: March 07, 2014 Print ISSN: 0948-3055; Online ISSN: 1616-1564 Copyright © 2014 Inter-Research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».