Conserved gene clusters in the scrambled plastomes of IRLC legumes (Fabaceae: Trifolieae and Fabeae)
Notice bibliographique
Résumé
Summary The plastid genome retains several features from its cyanobacterial-like ancestor, one being the co-transcriptional organization of genes into operon-like structures. Some plastid operons have been identified but undoubtedly many more remain undiscovered. Here we utilize the highly variable plastome structure that exists within certain legumes of the inverted repeat lost clade (IRLC) to find conserved gene clusters. These plastomes exhibit an unusually high frequency of translocations and inversions. We analysed the plastomes of 23 legume species and identified 32 locally collinear blocks (LCBs), which are regions within the plastid genomes that occur in different orientation and/or order among the plastid genomes but are themselves free from internal rearrangements. Several represent gene clusters that have previously been recognized as plastid operons. It appears that the number of LCBs has reached saturation in our data set, suggesting that these LCBs are not random, but likely represent legume plastid operons protected from internal rearrangement by functional constraint. Some of the LCBs we identify, such as psbD /C/Z, are previously known plastid operons. Others, such as rpl32-ndhF-psbA-matK-rbcL-atpB-atpE , may represent novel polycistronic operons in legumes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».