Abstract 689: Validation of antibodies to Estrogen Receptor ≤ and quantitative assessment of ERα1 and ERα5 expression in breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract INTRODUCTION: Estrogen receptors are members of the nuclear hormone receptor family that play an important role in breast carcinogenesis and response to endocrine therapy. Though the role of ERα in breast cancer has been studied extensively, little is known about the alternative isoform ERα. ERα has significant sequence homology to ERα but is located on a different chromosome and maintains both overlapping and unique functional attributes. Five variants resulting from alternative splicing of the C-terminal region of ERα exist. The relevance of ERα variants in breast cancer outcomes and response to therapy is difficult to assess because of conflicting results in the literature, likely due to variable methods used to assess ERα in patient tumors. METHODS: Antibodies against ERα variants (ERα1: ThermoScientific PPG5/10; ERα2/cx: Serotec Clone 57/3; ERα5: Serotec Clone 5/25) were validated for staining specificity by siRNA knockdown of ESR2 as well as staining reproducibility on FFPE tissue by quantitative immunofluorescence (QIF) using AQUA technology (HistoRx). QIF staining of validated antibodies was then assessed on two separate breast cancer cohorts. RESULTS: ERα1 and ERα5, but not ERα2/cx, antibodies were found to be sensitive, specific and reproducible, as shown by reduction in signal after siRNA knockdown in cell lines and reproducible QIF scores on a set of breast cancer control cases. ERα1 and ERα5 expression is significantly associated in both cohorts examined (R*2=.224, p<0.0001). However, ERα1 does not show significant association with patient outcome or response to endocrine therapy. In contrast, ERα5 is associated with worse recurrence free survival (log rank p=0.0500) and, though it shows no association with response to tamoxifen, it predicts response to chemotherapy (log rank p=0.0393). CONCLUSIONS: Validation of ERα antibodies reveals that not all reagents are specific for the expected isoforms. Assessment of breast cancer cohorts using validated reagents show that ERα1 is not associated with outcome while ERα5 is both prognostic and predictive. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 689. doi:1538-7445.AM2012-689
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».