Seasonal and spatial variations in microbial activity at various phylogenetic resolutions at a groundwater – surface water interface
Notice bibliographique
Résumé
We investigated the seasonal and spatial variation in activity and density of the metabolically active in situ microbial community (AIMC) at a landfill leachate-impacted groundwater - surface water interface (GSI). A series of AIMC traps were designed and implemented for AIMC sampling and microbial activity and density examinations. Measurements were made not only at the level of bacterial domain but also at the levels of alphaproteobacterial Rhizobiales order and gammaproteobacterial Pseudomonas genus, both of which included a large number of iron-oxidizing bacteria as revealed from previous analysis. Consistently higher microbial activities with less variation in depth were measured in the AIMC traps than in the ambient sediments. Flood disturbance appeared to control AIMC activity distributions at the gradually elevated GSI. The highest AIMC activities were generally obtained from locations closest to the free surface water boundary except during the dry season when microbial activities were similar across the entire GSI. A clone library of AIMC 16S rRNA genes was constructed, and it confirmed the predominant role of the targeted alphaproteobacterial group in AIMC activity and composition. This taxon constituted 2%-14% of all bacteria with similar activity distribution profiles. The Pseudomonas group occupied only 0.1‰-0.5‰ of the total bacterial density, but its activity was 27 times higher than the bacterial average. Of the 16S rRNA sequences in the AIMC clone library, 7.5% were phylogenetically related to putative IOB, supporting the occurrence and persistence of active microbial iron oxidation across the studied iron-rich GSI ecosystem.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».