Abstract 2999: Gene expression signature of differential response to chemotherapy in sporadic pediatric osteosarcoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Osteosarcoma is the most common pediatric bone malignancy. Genomic instability, karyotypic heterogeneity and dysregulated gene expression are typical of osteosarcoma tumors, for which treatment is often multimodal and aggressive. Tumor necrosis in response to neoadjuvant chemotherapy is used to estimate outcome and survival, because reliable clinical diagnostic and prognostic biomarkers have not yet been described for this tumor. Our objective in the current study was to identify new molecular biomarkers for osteosarcoma based on differential mRNA expression levels of genes found to be consistently involved in the pathogenesis of osteosarcoma. The NanoString nCounter System utilizes color-coded probe pairs, which allow multiplexed expression analysis of specific genes in solution-phase hybridization with digital output. Advantages of the system are a higher sensitivity than microarrays and the utilization of small amounts of total RNA without requiring cDNA synthesis. We first determined the efficacy and consistency of the system using total RNA extracted from snap-frozen and formalin-fixed, paraffin-embedded osteosarcoma tissue specimens. We then verified that the NanoString assay was consistent with RT-PCR analysis of our samples, after which we subjected a cohort of osteosarcoma tumors to the expression assay. Seventeen genes, including many with well-described functions in osteosarcoma, were analyzed for expression in a cohort of tumors as well as normal human osteoblasts. Expression values of normal human osteoblasts were compared with those of tumors with more than 90% necrosis post-chemotherapy (an indicator of good prognosis) and of tumors with less than 90% necrosis post-chemotherapy (an indicator of poor prognosis). Of note, we found that tumors with poor response to chemotherapy had statistically significant up-regulation of CDKN1C, FOS, and RUNX2. The RUNX2 gene is located at chromosome 6p21.1, which frequently undergoes genetic amplification in osteosarcoma. Amplification-related overexpression of RUNX2 has been previously reported (Martin et al 2010, Sadikovic et al 2010) as a poor prognosticator for chemotherapy response, and the involvement of bone morphogenetic pathways downstream of RUNX2 are being addressed by multiplex analyses of differential gene expression. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 2999. doi:1538-7445.AM2012-2999
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».