Contrasting evolution of a satellite DNA and its ancestral IGS rDNA in<i>Phaseolus</i>(Fabaceae)
Notice bibliographique
Résumé
CC4 is a satellite DNA from common bean (Phaseolus vulgaris L.) that is similar to its intergenic spacer (IGS) rDNA. CC4 was originally hypothesized to be an old, fast evolving satellite family that has invaded common bean rDNA. To test this hypothesis and contribute to the understanding of IGS-like satellite DNA evolution, we have investigated its distribution in the genus Phaseolus and related species. CC4 was cloned and used as probe for Southern blot and FISH experiments. CC4 was observed as an independent satellite in common bean, forming two to three major and a few minor pericentromeric clusters. In Phaseolus coccineus, CC4 was present in four major clusters, also not co-localized with the 45S rDNA sites. Remarkably, in the less related species of the genus, signals were detected co-localized with the 45S rDNA sites, but co-localization was not observed in the species where CC4 is present as an independent satellite. No signal was detected in species from related genera. Altogether, the data suggest that CC4 has originated from the IGS rDNA in the P. vulgaris-P. coccineus lineage and has evolved slower than the IGS rDNA from this lineage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».