Abstract 3460: Genome-wide copy number analysis reveals novel somatic mutations associated with choroid plexus tumorigenesis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Choroid plexus carcinomas (CPCs) are aggressive pediatric neoplasms accounting for less than 1% of brain tumors, but representing more than 10% of brain tumors in children under 1 year of age. CPCs are frequently observed in the context of the Li-Fraumeni Syndrome (LFS), yet this association has not been fully elucidated. The genetic mechanisms leading to this disease are poorly understood; however, we have recently demonstrated that TP53 status and total structural variation are correlated with tumor subtype and clinical outcome in choroid plexus tumor (CPT) patients, distinguishing between individuals with CPC and choroid plexus papilloma (CPP), a benign tumor with a more favorable prognosis. We set out to characterize genomic regions in which copy number variation and gene expression changes are uniquely associated with CPC tumors in order to identify genes that may serve as markers in tumor diagnosis and prognosis. DNA and RNA from 59 choroid plexus tumors (CPC, n=29 and CPP, n=30) and two samples of normal choroid plexus tissue were obtained from a multi-institutional tissue and clinical database. We conducted high-resolution copy number alteration (CNA) and gene expression analysis for each tumor sample using highly dense microarrays (Affymetrix SNP 6.0 and Exon 1.0 ST array, respectively). DNA microarray data was segmented using a Hidden Markov Model (HMM) approach. Statistical analysis was carried out using Partek Genomics Suite in which CNAs and gene expression changes between CPC, CPP, and normal choroid plexus samples were contrasted. We identified 14 CPC-unique loci harboring CNAs with corresponding gene expression changes (p>0.05). We observed that CNAs were found at loci where cancer genes with well-characterized oncogenic functions have been previously identified (1p13.2, 1p13.3, 1p21.3, 1p22.1 and 5q13.3). Furthermore, more than 90% of tumors with copy number alterations and expression changes at these five loci also harbored mutant TP53. These observations suggest involvement of several genes in the malignant progression of CPCs, which may help elucidate the aggressiveness and poor clinical outcome of this tumor subtype compared to the more favorable CPP. Further analysis of CNAs and expression at these loci in the context of TP53 mutations, will provide a more refined genetic profile that will facilitate diagnosis of CPTs and aid in predicting patient outcome. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 3460. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-3460
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».