Performance of the SCC-DFTB Model for Description of Five-Membered Ring Carbohydrate Conformations: Comparison to Force Fields, High-Level Electronic Structure Methods, and Experiment
Notice bibliographique
Résumé
The solution conformations of biologically important mono- and di-α-d-arabinofuranosides were investigated using the dispersion-corrected self-consistent charge density functional tight binding (SCC-DFTB) and the AMBER/GLYCAM models. Simulations were performed using both long dynamics and umbrella sampling simulations. Angular distributions about the exocyclic C-C bonds and puckering distributions of the rings obtained from the SCC-DFTB model were quite different from those obtained with the AMBER/GLYCAM approach. The joint probability distribution of rotamer and ring puckering parameters reveals further discrepancies, while both methods predict weak correlation between exocyclic torsions and ring puckering. To assess the reliability of the simulations, ensemble-averaged vicinal proton-proton coupling constants ((3)JH,H) were calculated and compared directly to experimental NMR coupling constants. It is found that the (3)JH,H values obtained from the AMBER/GLYCAM simulations agree with experiment, while those obtained from the SCC-DFTB method, in most cases, differ from experimental (3)JH,H values. Potential energy surfaces (PES) along the exocyclic torsion obtained from ab initio and DFT calculations differ significantly from those obtained with the SCC-DFTB method. This study establishes that a high-quality all-atom force field would be more suitable than one of the superior semiempirical methods, SCC-DFTB, for investigation of rotamer populations and ring puckering in floppy ring systems such as furanosides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».