Crystallographic analysis of response regulator protein from<i>Desulfovibrio vulgaris</i>Hildenborough
Notice bibliographique
Résumé
Cells of the immune system have inherently high levels of tyrosine phosphorylation.In fact, they express more genes encoding protein tyrosine kinases (PTKs) and protein tyrosine phosphatases (PTPs) than nearly any other cell type.One PTP expressed exclusively in cells of the immune system is hematopoietic protein tyrosine phosphatase (HePTP).HePTP functions to negatively regulate the activation of T cells, and it does so by dephosphorylating and inactivating its only known substrates, the mitogen-activated protein kinases (MAPKs) Erk1/2 and p38.The importance of this regulation is highlighted by the fact that dysregulation of HePTP is associated with several diseases of the immune system, including acute myelogenous leukemia and non-Hodgkins lymphoma.In order to understand the molecular basis of the HePTP:MAPK interaction, we have generated a series of HePTP substrate-trapping mutants (STMs) in order to selectively populate an HePTP:MAPK peptide dephosphorylation complex.STMs have low catalytic activities yet retain high affinities for their substrates.We first determined the biochemical and biophysical characteristics of these HePTP STMs to identify those STMs most suitable for structural studies.We then crystallized and determined the structures of several HePTP STMs in both their apo forms and in complex with two distinct substrate peptide mimetics, e.g.peptides that correspond to the singly-and dually-phosphorylated activation loop of the MAPK Erk2.Finally, we describe how this biochemical, biophysical and structural data has allowed us to identify, for the first time, the structural features of HePTP that confer such a high degree of specificity for its MAPK substrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».