Functional Nucleic Acids as Molecular Recognition Elements for Small Organic and Biological Molecules
Notice bibliographique
Résumé
The abundance of small molecules in biological systems, the wide-spread usage of synthetic small molecules as drugs and biological probes, and the escalation of industrial pollutants in our environment, underscore the importance of detection of small molecules for many disciplines. Functional nucleic acids (FNAs) are single-stranded DNA or RNA sequences that are capable of carrying out ligand binding (aptamers), catalysis (nucleic acid enzymes) or both functions (aptazymes). Many FNAs have been shown to be suitable molecular recognition elements for small-molecule targets. In this article, we will present a focused review on FNAs for small molecule binding and detection. First, we will discuss the technique of “in vitro selection” by which artificial FNAs can be isolated from random-sequence DNA or RNA pools. This will be followed by a survey of aptamers for small molecules isolated to date. Next, the diverse functions of natural aptamers, as part of riboswitches (metabolite-sensing RNA regulatory systems that exist in many organisms) will be explored. Efforts in creating aptazymes will also be presented. Finally, we will examine numerous applications of aptamers and aptazymes in the development of fluorescent, colorimetric and electrochemical biosensors and discuss some emerging applications concerning FNAs. Keywords: Functional nucleic acid, aptamer, ribozyme, DNAzyme, aptazyme, riboswitch, biosensor, in vitro selection, SELEX, amino acids, steroids, carbohydrates, nucleotides, organic drugs, dyes, carcinogens, IN VITRO SELECTION (SELEX) TECHNIQUE, RT-PCR (for RNA-based selec-tion), RNA-cleaving DNAzyme, elution, structure-switching, L-arginine, L-citrulline, L-dopamine, L-isoleucine, D-tryptophan, L-tyrosine, L-valine, L-tyrosinamide, 7-methyl-guanosine, 8-oxo-deoxyguanosine, adenosine 5'-triphosphate, guanosine 5'-triphosphate (GTP), cyclic adenosine mono-phosphate, biotin, coenzyme A, cya-nocobalamin (vitamin B12), riboflavin, flavin adenine dinucleo-tide, flavin mononucleotide, nicotina-mide mononucleotide, S-adenosylmethionine, S-adenosylhomocysteine, steroids 17-estradiol, cholic acid, thyroxine hormone, ochratoxin A (a mycotoxin), chloramphenicol, kanamycin, livi-domycin, neomycin, streptomycin, tetracycline, tobramycin, viomycin
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».