Computational Study of the Deamination of 8-Oxoguanine
Notice bibliographique
Résumé
Oxidation of guanine in DNA yields the nucleobase damage product 8-oxoguanine (8-oxoG), whose further oxidation gives other more stable products. In the present study, the mechanism for the deamination of 8-oxoG with H(2)O, 2H(2)O, H(2)O/OH(-), and 2H(2)O/OH(-) and for protonated 8-oxoG (8-oxoGH(+)) with H(2)O has been investigated using ab initio calculations. All structures were optimized at RHF/6-31G(d), MP2/6-31G(d), and B3LYP with the 6-31G(d), 6-31+G(d), 6-31G(d,p), 6-31+G(d,p), and 6-31++G(d.p) basis sets. Energies were determined at the G3MP2 level of theory, and solvent calculations were performed using both the polarizable continuum model (PCM) and the solvation model on density (SMD). Intrinsic reaction coordinate calculations were performed to characterize the transition states on the potential energy surface. Thermodynamic properties (ΔE, ΔH, and ΔG), activation energies, enthalpies, and Gibbs free energies of activation were also calculated for each reaction investigated. All pathways yield an initial tetrahedral intermediate and, in the final step, an intermediate that dissociates to products via a 1,3-proton shift. At the G3MP2 level of theory, deamination with H(2)O/OH(-) was found to have an overall activation energy of 187, 176, and 156 kJ mol(-1) for the gas phase, PCM, and SMD, respectively, which are ∼50 kJ mol(-1) lower than with H(2)O only. These barriers can be compared to those for the reaction of 8-oxoGH(+) with H(2)O of 248 kJ mol(-1) in the gas phase and 238 kJ mol(-1) in aqueous solution (PCM). The lowest overall activation energies (G3MP2) are for the deamination of 8-oxoG with 2H(2)O/OH(-), 134 kJ mol(-1) in the gas phase and 129 kJ mol(-1) with PCM.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».