The Utility of BRAFV600E Mutation-specific Antibody for Colon Cancers With Microsatellite Instability
Notice bibliographique
Résumé
This study's objective was to assess the performance of immunohistochemical staining with the BRAF mutation-specific antibody (clone VE1) in tissue from colon cancers, including those with a high degree of microsatellite instability (MSI-H). VE1 was applied to tissue microarrays of 152 colon cancers with known MSI status. Results of immunohistochemical analyses were scored as negative, positive, or equivocal. The results of VE1 immunohistochemical analysis were compared with BRAF mutation analysis by PCR. Fifteen of the 152 cases (10%) were positive with VE1 immunohistochemical analysis, 8 were equivocal, and 129 were negative. There was a single false-negative case and no false positives were identified when 74 VE1-positive or VE1-negative cases were tested by the BRAF PCR testing. Of the 8 equivocal VE1 cases identified, 3 were BRAF-positive. In the 17 MSI-H colon cancers, VE1 immunohistochemical analysis resulted in 7 true-positive, 9 true-negative, and 1 false-negative case when compared with PCR results. The sensitivity and specificity of VE1 in the MSI-H colon cancer group were determined to be 88% and 100%, respectively. The BRAF positivity rate by VE1 immunohistochemical analysis in MSI-H colon cancers is consistent with that of published cohorts, which use molecular assays, and the accuracy of positive or negative VE1 staining is high. A small subset of equivocal cases (5% in our cohort) with heterogenous staining requires confirmation by the BRAF mutation analysis. We propose a testing algorithm for Lynch syndrome screening in MSI-H colorectal cancers that incorporates VE1 immunohistochemical analysis with PCR testing for equivocal cases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».