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Enregistrement W2328140422 · doi:10.1021/jp207083r

Soft Adsorption of Densely Packed Layers of DNA-Plasmid·1,3-Diaminopropane Complexes onto Highly Oriented Pyrolitic Graphite Designed To Erode in Water

2011· article· en· W2328140422 sur OpenAlexaff
Omar Boulanouar, Abderrahim Khatyr, Guillaume Herlem, Frank Palmino, Léon Sanche, M. Fromm

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Physical Chemistry C · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMonolayerAqueous solutionAdsorptionProtonationPlasmidCrystallographyGraphiteDNAMaterials scienceAbsorption (acoustics)ChemistryAnalytical Chemistry (journal)Chemical engineeringNanotechnologyIonChromatographyOrganic chemistryComposite material

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In this Article, we report a simple and effective method to build up self-assembled and well-calibrated layers of plasmid DNA·1,3-diaminopropane complexes onto highly oriented pyrolitic graphite (HOPG). The method is based on the self-assembly of the poly electrolytes onto HOPG in an excess of positively charged protonated diamines (Dap 2+ ) in comparison to the negatively charged phosphate moieties of the DNA backbone in solution. Although short distortions in the helical parameters of DNA (maximum 12% hypochromicity) are revealed by UV–vis absorption spectrometry, the native B form of the plasmids is conserved. By fixing the excess of positive charges arising from Dap 2+ cations, it is possible to construct assemblies of a well-defined thickness ranging typically from 1 monolayer (ML) of DNA to 10 ML; 1 ML has a thickness of 2.2 ± 0.5 nm. Adding TRIS-EDTA (TE) buffer lowers considerably the damage rate observed when plasmids are mixed with Dap 2+ in pure water. The thickness of the first dense monolayer matches well the DNA cross-sectional dimensions, indicating that this layer is strongly anchored to the surface; it is insoluble in water. Conversely, thicker layers can be released in aqueous media, and the plasmids do not undergo dramatic damage. In the presence of TE buffer, condensation of the plasmids on the HOPG surface and a further release of the deposits in water yields a loss of supercoiling that ranges typically from 10% to 20% when the layer thickness varies from 22 to 12 nm. Such densely packed and releasable DNA plasmid layers with a very well-characterized and constant thickness constitute a substantial progress for biochemical and radiochemical experiments.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,399

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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