Abstract C31: Identification of causal genetic events in oral cancer progression
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Oral cancer is one of the world's leading causes of cancer death, with late stage disease diagnoses and high rates of recurrence accounting for poor survival rates. Like many solid tumors, oral cancer develops through a series of histopathological stages from dysplasia, to carcinoma in situ (CIS), to invasive disease. Escalating genomic instability and the accumulation of critical gene alterations is thought to drive disease progression. Causal gene changes remain to be identified for oral cancer. The objective of this study is to determine the essential gene alterations underpinning oral cancer progression. Hypothesis: Since cancers arise through the accumulation of genetic alterations, gene changes detected in the earliest stages of disease are the foundation of observed cancer phenotypes and essential for oral tumorigenesis. Experimental Approaches: Oral premalignant lesions and tumor samples were obtained from the Oral Biopsy Service of British Columbia and are associated with well annotated patient information (including disease outcomes). High resolution tiling-path array comparative genomic hybridization was used to define segmental DNA changes for each sample. Recurring regions of DNA alteration detected in premalignant lesions known to progress and preserved in later stage disease were flagged as critical events. Our list of candidate genes within these regions will be refined by analysis of publicly available genomic and gene expression data from oral tumors. Results: Whole genome copy number profiles from over 100 oral lesions and tumors have been successfully generated using array comparative genomic hybridization. From this data we have identified several molecular subgroups associated with initiation and progression of oral cancer. Significance: With knowledge of the key genes fueling oral tumorigenesis, we will be able to derive novel biomarkers capable of predicting disease behavior as well as gain a better understanding of the molecular pathways and gene networks responsible for driving oral cancer progression. Citation Information: Cancer Res 2009;69(23 Suppl):C31.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».