Detection of toxigenic Clostridium difficile by Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP)
Notice bibliographique
Résumé
Background: Clostridium difficile-associated disease (CDAD) is a leading cause of nosocomial diarrhea in adults. Therefore, rapid and accurate reporting of toxigenic C. difficile is essential for improving patient outcomes and minimizing hospital-acquired disease. The PCR-based in-house and commercial methods available now to detect toxigenic C. difficile are expensive or require nucleic acid purification. We describe a multiplex real-time loop-mediated isothermal amplification method (LAMP) to detect toxigenic C. difficile without DNA purification and to presumptively identify the NAP1 strain directly from diarrheal stools. Methods & Materials: Five-hundred and eighteen stools submitted for routine PCR testing of C. difficile was used. The DNA was extracted by mixing and boiling 100 μl of 1:10 dilution of stools with 100 μl of lysis solution for 15 min. Two microliters of the clear supernatant was used for LAMP reactions. LAMP method amplified and detected tcdC, cdtA, and λ DNA (IC). Primers used for amplification were designed using Genbank and PrimerExplorer V4 (Eiken Chemical Co., Ltd. Japan). DNA amplification was done at 59 0C for 60 min using Rotorgene 6500 (Qiagen) and a standard LAMP reaction. Amplification was detected by displacement of a fluorescent probe annealed to the quencher-labeled primer: Detection of Amplification using Reduced Quenching (DARQ). The limit of detection (LOD) was determined by using a C. difficile negative stool specimen spiked with known number of colony forming units of C. difficile ATCC43255. Results: Out of 518 specimens 200 tested were positive and 307 were negative for tcdC by both methods. There were 11 discrepant specimens that were all negative by LAMP but positive by PCR with high CT values (>35). The test performance characteristics of LAMP method as compared to the PCR was as follows: sensitivity, 95%; specificity, 100%; NPV, 97%; PPV, 100%. The LOD was estimated to be 750 genome equivalents. The presence of both tcdC and cdtA presumptively identified 65 specimens to have the NAP1 strain by both methods. Conclusion: The turn-around-time for LAMP-DARQ was 90 min as compared to 3.5 hours for the in-house PCR. The estimated cost per test for LAMP-DARQ was Cdn $4.00 and 60% cheaper than the PCR. The LAMP-DARQ is a cost-effective, sensitive, faster method than PCR to detect toxigenic C. difficile.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».