A Multiplex Real-Time PCR Assay Differentiates Four<i>Xanthomonas</i>Species Associated with Bacterial Spot of Tomato
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial spot of tomato, a major problem in many tomato production areas, is caused by Xanthomonas euvesicatoria, X. vesicatoria, X. perforans, and X. gardneri. In order to detect and identify the bacterial spot pathogens, we evaluated a region of hrpB operon as a source for primers and probes for real-time polymerase chain reaction (PCR). A 420-bp fragment of the hrpB7 gene was amplified by PCR from 75 strains representing the four species. The PCR products were sequenced and phylogenetic analysis revealed that hrpB7 is highly conserved within each species, with a single-nucleotide polymorphism (SNP) among the X. vesicatoria strains. X. euvesicatoria and X. perforans varied by two SNP. Four probes and two primer sets were designed to target the four bacterial spot pathogens based on their hrpB7 gene sequences. In order to simultaneously detect the four bacterial spot pathogens, the four probes and two primer sets were optimized for a multiplex real-time TaqMan PCR assay. The optimized multiplex assay was determined to be highly specific to the four bacterial spot pathogens. Because the optimized multiplex assay facilitated the identification of each bacterial spot pathogen from pure cultures and infected plant tissue, it holds great potential as a diagnostic tool.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle