Analysis of bacterial communities associated with the benthic amphipod <i>Diporeia</i> in the Laurentian Great Lakes Basin
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial communities play important roles in the biological functioning of crustaceans, yet little is known about their diversity, structure, and dynamics. This study was conducted to investigate the bacterial communities associated with the benthic amphipod Diporeia, an important component in the Great Lakes foodweb that has been declining over the past 3 decades. In this study, the combination of 16S rRNA gene sequencing and terminal restriction fragment length polymorphism revealed a total of 175 and 138 terminal restriction fragments (T-RFs) in Diporeia samples following treatment with the endonucleases HhaI and MspI, respectively. Relatively abundant and prevalent T-RFs were affiliated with the genera Flavobacterium and Pseudomonas and the class Betaproteobacteria. T-RFs affiliated with the order Rickettsiales were also detected. A significant difference in T-RF presence and abundance (P = 0.035) was detected among profiles generated for Diporeia collected from 4 sites in Lake Michigan. Comparison of profiles generated for Diporeia samples collected in 2 years from lakes Superior and Michigan showed a significant change in diversity for Lake Superior Diporeia but not Lake Michigan Diporeia. Profiles from one Lake Michigan site contained multiple unique T-RFs compared with other Lake Michigan Diporeia profiles, most notably one that represents the genus Methylotenera. This study generated the most extensive list of bacteria associated with Diporeia and sheds useful insights on the microbiome of Great Lakes Diporeia that may help to reveal potential causes of the decline of Diporeia populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».