Variations in the 16S–23S rRNA internal transcribed spacer of fibrolytic <i>Butyrivibrio</i> isolates from the reindeer rumen
Notice bibliographique
Résumé
Strains of Butyrivibrio are principal cellulytic bacteria in the rumen of the High Arctic Svalbard reindeer ( Rangifer tarandus platyrhynchus ). According to phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequencing, Butyrivibrio can be divided into three subgroups within the Clostridia class of the phylum Firmicutes, but the current phenotypic and genotypic differentiation within the family Lachnospiraceae is insufficient. This current study describes the sequence diversity of the 16S-23S rRNA intergenic transcribed spacer (ITS) region of Butyrivibrio isolates from reindeer. A total of 17 different ITS sequences with sizes between 449 and 784 nt were obtained. Genes encoding tRNA(Ile) and tRNA(Ala) were identified in four of the sequences. Phylogenetic neighbor-joining trees were constructed based on the ITS sequence and compared with a phylogenetic neighbor-joining tree based on 16S rRNA gene sequences previously obtained for the same isolates. These comparisons indicated a better differentiation between strains in the ITS sequence than the 16S rRNA gene based tree. Through this study, a better means for identifying and tracking fibrolytic and potentially probiotic Butyrivibrio strains in reindeer and other ruminants has been provided.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».