P2.030 Utility of<i>Neisseria Gonorrhoea</i>Positive APTIMA Specimens to Assess Strain Diversity and Antibiotic Resistance
Notice bibliographique
Résumé
Background Samples collected from community patients and patients visiting the Sexually Transmitted Infection (STI) clinics, submitted for the detection of Neisseria gonorrhoea (NG) in Alberta, Canada, are tested by the FDA approved APTIMA Combo 2® assay (GEN-PROBE). In addition swabs are collected from a limited number of high risk patients for culture and susceptibility testing. The isolates can also be used for molecular characterization of resistance determinants and strain typing. In order to gain a better understanding of the circulating sequence types (STs) and resistance determinants in cases where specimens are not collected for culture, such as community patients, a more practical approach would be to test the original sample submitted for Aptima testing by molecular methods. Methods Sample pairs (specimen submitted for Aptima testing and culture within one day) from 26 patients including 22 males and 4 females ranging in age from 20 to 59 years were extracted using the QIAamp DNA mini kit and compared for direct molecular characterization. Samples were analysed for antimicrobial susceptibility based on mosiac changes that have been correlated with reduced susceptibility to extended-spectrum cephalosporins (ESCrs) in the PBP2 protein coded by penA. Outer membrane proteins PIA and PIB coded by porA/B and tbpB genes were sequenced and multiantigen sequence typing (NG-MAST) was performed. Results 100% sequence identity was observed between the sequences obtained from the Aptima and culture samples suggeting that direct molecular characterization can be performed from Aptima specimens. Based on the sequence data a strong correlation was observed between ESCrs, tbp allele 110, ST1407 and amino acid changes (G545S, I312M, V316T) in the PBP2 protein. Conclusions This strategy will provide comprehensive surveillance data on circulating NG strains in lower risk populations and may help in guiding empiric treatment. Molecular methods can be enhanced for high throughput characterization of community samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».