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Enregistrement W2330244165 · doi:10.1158/1538-7445.am2013-3063

Abstract 3063: MicroRNA-605: A novel genetic modifier in Li-Fraumeni Syndrome.

2013· article· en· W2330244165 sur OpenAlexaff
Badr Idsaid, David Malkin

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer-related Molecular Pathways
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPenetrancemicroRNAGeneticsBiologySingle-nucleotide polymorphismCancerCancer researchSNPLi–Fraumeni syndromeMutationGermline mutationGeneGenotypePhenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background: Li-Fraumeni syndrome (LFS) is a rare autosomal-dominant disorder, typically involving germ-line mutations in the prototypical tumour suppressor gene, TP53. Despite the high penetrance of TP53 mutations, LFS patients display striking differences in the age of disease onset, suggesting the presence of additional genetic modifiers. To date, functional polymorphisms in TP53 (Arg72Pro), MDM2 (SNP 309), as well as DNA copy number variations (CNVs) and telomere attrition, have been associated with cancer risk in LFS. However, it is likely that additional modifiers exist and that a combination of these low-penetrance risk factors act together to predispose TP53 mutation carriers to a spectrum of susceptibilities. Recently, the TP53 signalling network has been linked to a small number of non-coding RNAs, called microRNAs (miRNAs), whose main function is to negatively regulate gene expression. One particular member of this family, called miR-605, has been found to target the MDM2 gene, an important inhibitor of p53 function. Importantly, a common Single Nucleotide Polymorphism (SNP) within miR-605 was also found to modulate gastrointestinal cancer risk. By affecting miR-605 expression, this SNP could impact cancer risk in TP53 mutation carriers. Hypothesis: In this study, we hypothesized that SNP-mediated miR-605 deregulation might modify cancer risk in LFS by eliciting important transcriptional changes in the levels of p53 and/or MDM2. Methods: miR-605 was overexpressed in two TP53 mutant cell lines (RD and Rh30) in order to assess its tumor suppressive functions. MDM2 and TP53 protein expression were analyzed through Western Blotting. Additionally, blood-derived DNA samples from 47 Caucasian TP53 mutation carriers were genotyped for the miR-605 variant by SNP-RFLP. Results: Overexpressing miR-605 in two TP53 mutated cell lines led to a significant attenuation in cell viability as measured by MTS assay. The capacity of these cell lines to form macroscopic colonies was also compromised following transfection by a miR-605 commercial mimic. Moreover, miR-605-transfected cells also displayed higher sensitivity to a wide range of chemotherapeutic drugs. In RD cells, MDM2 downregulation was detected following miR-605 overexpression but TP53 levels remained unchanged. Genotyping our aforementioned study population revealed the G-allele of the miR-605 SNP to be associated with an earlier age of cancer onset (p=0.02). The median age of cancer onset in carriers of the G-allele (n= 15) was 3.75 years compared to 21.5 years in patients with the common homozygous A/A genotype (n= 32). Conclusion: Together, our results identify miR-605 deregulation as a potential cancer modifying event in TP53 mutation carriers. Future work will focus on elucidating the functional consequences of the miR-605 SNP whilst also pursuing a more general understanding of miR-605 tumor suppression. Citation Format: Badr Idsaid, David Malkin. MicroRNA-605: A novel genetic modifier in Li-Fraumeni Syndrome. [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 3063. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-3063

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,082
Tête enseignante GPT0,378
Écart entre enseignants0,296 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2013
Routes d'admission1
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