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Enregistrement W2330921232 · doi:10.1097/00054725-201212001-00073

Validation and Comparison of Algorithms to Identify Adult-Onset Inflammatory Bowel Disease Patients From Within Health Administrative Data

2012· article· en· W2330921232 sur OpenAlexaffabout
Eric I. Benchimol, Astrid Guttmann, David Mack, Geoffrey C. Nguyen, Alan J. Forster, James C. Gregor, John K. Marshall, Douglas G. Manuel

Notice bibliographique

RevueInflammatory Bowel Diseases · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensWestern UniversityMcMaster UniversityUniversity of TorontoUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineInflammatory bowel diseaseCohortDiseaseIncidence (geometry)Diagnosis codePopulationAlgorithmCrohn's diseaseHealth careCohort studyPediatricsInternal medicineComputer scienceEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Health administrative databases can be used to track disease incidence, outcomes and care quality. Case validation is necessary to ensure accurate disease ascertainment using these databases. Disease-specific codes and algorithms (combinations of disease-specific health services codes) have been validated in various regions to identify adult-onset IBD. We previously validated an algorithm to identify pediatric-onset IBD and create the Ontario Crohn's and Colitis Cohort (OCCC), a population-based surveillance cohort. In this study, we aimed to validate adult-onset IBD identification algorithms to expand the OCCC to adults. Two cohorts of patients were used to validate algorithms: 1) Ottawa Hospital Algorithm Development Cohort: An electronic database (Ottawa Hospital Data Warehouse) of outpatient visits, hospitalizations, pathology and radiology reports was searched. The charts of patients with either a diagnostic ICD code for Crohn's or UC, or a referral to IBD, Crohn's or UC in a keyword search of either a histology or radiology report were extracted (n = 5847). Patients >18 years seen at the Ottawa Hospital from fiscal years (FY) 2002-2005 were classified as incident IBD (n = 554), prevalent IBD (n = 1193) or non-IBD (n = 3330). 2) Ontario Algorithm Validation Cohort: The charts from 5 community practices (family medicine and gastroenterology) and 3 tertiary care centers across Ontario, comprising the practices of >30 physicians, were extracted to classify IBD patients diagnosed FY2001-2005 (n = 464) and non-IBD patients (n = 1051). We linked to health administrative databases from FY1991-2010 and compared the accuracy of various algorithms with various lengths of time to qualify. In addition, their latest diagnosis (Crohn's or UC) was determined from charts to validate an algorithm to distinguish patients with Crohn's from those with UC. Over 5000 algorithms were tested. Table 1 details the diagnostic accuracies of published algorithms. One health care contact was not adequate to identify patients with IBD. The Manitoba algorithm attained the lowest false-positive rate, while maintaining sensitivity. The algorithms functioned variably by age, with diagnostic accuracy lower in patients with onset >65 years (e.g. Ottawa Hospital Algorithm Development Cohort for the Manitoba algorithm: Sens 59.3%, Spec 98.2%, PPV 58.2%, NPV 98.3%). Having 5 of the last 9 physician billing codes for Crohn's or UC accurately distinguished IBD subtypes (accuracy 91.1%), while having 4 of the last 7 codes (accuracy 90.7%) and 5 of the last 8 codes (accuracy 90.2%) also functioned adequately. Patients with adult-onset IBD can be accurately identified from within health administrative data. The previously validated algorithms from Manitoba were the most accurate. Further work will explore other algorithms, particularly in patient subgroups such as the elderly. The OCCC will be expanded to include adult patients, creating a large, population-based surveillance cohort of all patients with IBD in Ontario, Canada.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,051
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,099
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,054
Score d'incertitude au seuil0,270

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0510,099
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,003
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,335
Écart entre enseignants0,305 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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