Elucidation of Gephyronic Acid Biosynthetic Pathway Revealed Unexpected SAM-Dependent Methylations
Notice bibliographique
Résumé
Gephyronic acid, a cytostatic polyketide produced by the myxobacterium Cystobacter violaceus Cb vi76, exhibits potent and selective eukaryotic protein synthesis inhibition. Next-generation sequencing of the C. violaceus genome revealed five type I polyketide synthases and post-PKS tailoring enzymes including an O-methyltransferase and a cytochrome P450 monooxygenase. Seven methyltransferase (MT) domains embedded within the PKS subunits were found to install the methyl branches throughout the gephyronic acid skeleton. A rare loading domain from the GNAT superfamily also contains an embedded MT domain that catalyzes the in situ production of an isobutyryl starter unit. Phylogenetic analysis identified new motifs that distinguish MT domains located in PKS pathways with in cis acyltransferase (AT) domains from MT domains located in PKS pathways with trans AT enzymes. The identification of the gene cluster sets the stage for the generation of a heterologous expression system, which will allow further investigation of selective eukaryotic protein synthesis inhibitors through the generation of gephyronic acid analogues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».