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Enregistrement W2331231306 · doi:10.1021/jf201979a

In Silico Homology Modeling To Predict Functional Properties of Cruciferin

2011· article· en· W2331231306 sur OpenAlexaff
Thushan S. Withana-Gamage, Dwayne D. Hegedus, Xiao Qiu, Janitha P.D. Wanasundara

Notice bibliographique

RevueJournal of Agricultural and Food Chemistry · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
Thématiquethermodynamics and calorimetric analyses
Établissements canadiensUniversity of SaskatchewanAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHomology modelingIn silicoBrassicaceaeComputational biologyGene isoformHomology (biology)BiologyBiochemistryChemistryArabidopsisEnzymeAmino acidGeneBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cruciferin is the major storage protein in Brassicaceae family oilseeds. The predominant cruciferin isoforms in Arabidopsis thaliana were investigated using homology modeling (HM) for their molecular structures and functional properties. The structure of Brassica napus procruciferin was used as the template for HM to determine the molecular structures and hypervariable regions. Hydrophobicity and electrostatic surface potential distribution on the intradisulfide-containing face (IA) and the interdisulfide-containing face (IE) indicated favorable interfacial and solubility properties. More heat-induced structural changes were predicted for the CruC homotrimer than for the CruA or CruB homotrimers. Structural features that facilitate flavor binding and limit proteolytic digestion were more readily observed in CruA and CruB than in CruC. On the basis of these comparative models, structural differences among cruciferin isoforms and their relevance to potential technofunctionalities were identified. This approach of functional property prediction will link protein structure to utilities and will be valuable in designing proteins for targeted applications.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,266

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,191
Écart entre enseignants0,160 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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