Abstract 3879: High-throughput, homogeneous <i>in cyto</i> assays to monitor histone H3 post-translational modifications
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Histone proteins are an integral part of DNA packaging into chromatin, a dynamic process partly regulated by post-translation modification of histone N-terminal tails. Aberrant histone acetylation (ac) or methylation (me) levels is associated with a number of diseases. For example, histone deacetylases (HDACs and sirtuins) regulate the expression of many genes involved in neurodegeneration and can be aberrantly expressed in different tumors. In addition, deregulation of the methyl marks H3K4me3 and H3K27me3 are found associated with the development of several types of cancer. This work presents the development of high-throughput AlphaLISA® in cyto assays to monitor four specific histone marks: H3K9ac, H3K4me2, H3K27ac and H3K27me3. These assays were performed using an all-in-one well histone extraction protocol requiring no acid extraction or centrifugation steps. The level of each histone mark was first measured in cell titration experiments, seeding cells from 500 to 10 000 in 384 well plates. The chemical modulation of H3K4me2, H3K9ac and H3K27ac was monitored following overnight treatment of HeLa, HEK293, and Jurkat cells with the non-selective histone deacetylase inhibitors sodium butyrate and trichostatin A. Signal increases were all corroborated by Western blot analysis using the same antibodies as in the AlphaLISA detection assay. In the absence of chemical modulation, measurement of different H3K27me3 mark levels was performed in two B cell lymphoma cell lines: OCI-LY-19 and SU-DHL-6. OCI-LY-19 cells express wild-type EZH2 methyltransferase while SU-DHL-6 cells bear a heterozygous EZH2 mutation (Y641N) that alters its substrate selectivity, resulting in increased H3K27me3 levels. These novel cell-based assays showed suitability for high-throughput screening (HTS) protocols as demonstrated by Z’ factors superior to 0.6 for all four marks. In summary, these homogeneous cell-based AlphaLISA assays allow the simple and rapid monitoring of cellular histone H3 mark levels. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 3879. doi:1538-7445.AM2012-3879
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».