High-Throughput Screening of Chemical Libraries for Modulators of Gene Promoter Activity of<i>HLA-B2705</i>: Environmental Pathogenesis and Therapeutics of Ankylosing Spondylitis
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Ankylosing spondylitis (AS) is a highly heritable disease with HLA-B27 being the strongest susceptible gene. In order to survey the environmental triggers for arthritis development, we used a high-throughput technique to screen the effects of 12,264 chemicals on the HLA-B27 gene promoter. METHODS: Promoter reporter transfectants 293T-HLA-B27 and HeLa-HLA-B27 were tested using robotics with 12,264 chemicals. Chemicals that modulated HLA-B27 promoter activity > 150% or < 40% were selected for further evaluation of IC50/EC50 and cell viability. RESULTS: The primary screening using the 293T-HLA-B27 promoter reporter cell line yielded 5.1% hits that either suppressed (556 chemicals) or enhanced (68 chemicals) the HLA-B27 promoter activity. A secondary reconfirmation screening was carried out with these 624 candidates using HeLa-HLA-B27 promoter reporter cells under several different culture conditions. The yield of positive candidates was 130, of which 47 were derived from natural products. Based on the bio-information of those positive natural products, 21 chemicals were selected for analysis by dose-response IC50/EC50 experiments. Eight compounds showed potential pharmacological activities. Two suppressors are both derived from an herbal medicine (lei gong teng) that has been used for decades to treat immune diseases. The 6 activators all belonged to a group of chemicals known as flavonoids, widely distributed among dietary fruits and vegetables. CONCLUSION: Several common dietary products that contain certain flavonoids might be environmental risk factors for AS; the Chinese traditional herb lei gong teng might be a potential drug for patients who are HLA-B27-positive. These results provide new research directions for the pathogenesis and therapeutics of AS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».