Notice bibliographique
Résumé
I have read with interest the recent report on the putative impact of chemokine polymorphisms in Parkinson's Disease 1 .Based on a meta-analysis of case-control investigations for IL-6 and several other candidate genes, the authors concluded protective effects of an IL-6 promoter variant, rs1800795 or IL-6 G[-174]C.However, key issues appear to have been overlooked.Firstly, the study by Infante et al 2 used a TaqMan genotyping procedure with unknown primers.It is therefore impossible to tell in retrospect whether the transcribed or the antiparallel DNA strand served for allele calling and whether the risk allele was "G", or "C".As rs1800795 stands for a canonical substitution that can be read as "G" or as "C" depending on the template, strand information is essential to define genetic exposure.A second study 3 used sequence-specific oligo probes that do not differentiate between "G" and "C" but rather call only the "C" allele on the transcribed strand.A third study 4 genotyped the non-transcribed strand as can be verified by consulting the original pyrosequencing protocol.Chu et al failed to correct for the alternate strand and have mistaken "G" for "C".In other words, two of the three studies in question are non-informative and the third gives results that were misinterpreted.Finally, the authors have muddled IL-6 studies in Table 2 and have omitted additional studies 5 .The confusion of risk and protective alleles emphasizes further the need for strand-sensitive meta-analyses of G:C and A:T transversions.It is unfortunate that this procedure is not routinely implemented in PDGene (URL: http://www.pdgene.org), a database that was consulted by the authors and that also offers meta-analyses of case-control investigations.Having reviewed all PDGene entries for rs1800795, I note that as of September 2012, data from multiple studies 2-4 have been misassigned to rs13447446, a G:T substitution 63bp downstream from rs1800795.Other studies that did not investigate rs1800795 are included in PDGene's meta-analysis of this variant.While Chu et al must be given credit for identifying these errors, the information available is insufficient to support a protective role of rs1800795 in Parkinson's disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».