Microarray analysis and phenotypic response of<i>Pseudomonas aeruginosa</i>PAO1 under hyperbaric oxyhelium conditions
Notice bibliographique
Résumé
Pseudomonas aeruginosa is an important opportunistic pathogen associated with multiple diseases including cystic fibrosis and nosocomial infections. Pseudomonas aeruginosa is also the microbe most often isolated from ear and skin infections in divers. Saturation divers often suffer from various skin and mucous disorders, of which P. aeruginosa infections are the most serious and frequent. Previous studies mainly focused on adaptive and regulatory mechanisms of P. aeruginosa virulence in inducing clinical acute and chronic infections under different environmental conditions. However, there are few studies describing the physiological adaptive and regulatory mechanisms of P. aeruginosa in inducing high infectivity in healthy divers under hyperbaric oxyhelium conditions and even fewer studies describing the overall influence of the hyperbaric oxyhelium environment on regulating mRNA and protein expression levels of P. aeruginosa. The present study used transcriptomic and virulence phenotype analysis to identify factors that allow P. aeruginosa to become established in a hyperbaric oxyhelium environment to facilitate infections in divers. Transcriptional profiling of P. aeruginosa grown under steady-state hyperbaric oxyhelium stress conditions showed an upregulation of genes associated with stress-sense/response, protein folding, transcriptional regulation, pili and flagellum metabolism, virulence adaptation, and membrane protein metabolism. Some of these genes (including several two-component systems not previously known to be influenced by hyperbaric oxyhelium) were differentially expressed by P. aeruginosa in response to 72 h of exposure to hyperbaric oxyhelium stress. Detection of the virulence phenotype confirmed the results of cDNA microarrays. Based on these results, we conclude that hyperbaric oxyhelium conditions affect PAO1 gene expression and upregulate the expression of most virulence genes. The data obtained in our study may provide new insight into the molecular mechanism of hyperbaric oxyhelium exposure against P. aeruginosa virulence adaptation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».