Ultrasonic and Densimetric Characterization of the Association of Cyclic AMP with the cAMP-Binding Domain of the Exchange Protein EPAC1
Notice bibliographique
Résumé
We employed a combination of densimetric and ultrasonic velocimetric techniques to characterize the volumetric properties of the association of the cAMP-binding domain (CBD) of EPAC1 with cAMP at 25 °C in a pH 7.6 buffer. The binding of cAMP to the CBD of EPAC1 is accompanied by changes in volume, ΔV, and adiabatic compressibility, ΔKS, of -59 ± 4 cm(3) mol(-1) and (34 ± 9) × 10(-4) cm(3) mol(-1) bar(-1), respectively. We use these volumetric results in conjunction with the structural data to estimate a change in hydration, Δnh, accompanying the binding. We calculate that approximately 103 water molecules are released to the bulk from the associating surfaces of the protein and the ligand. This number is ∼30% larger than the number of water molecules in direct contact with the associating surfaces while also being within the error of our Δnh determination. Therefore, we conclude that cAMP binding to EPAC1 may involve, in addition to the waters from within the first coordination sphere, also some waters from the second coordination sphere of the protein and cAMP. Our analysis of the compressibility data reveals that the protein becomes more rigid and less dynamic upon the cAMP binding as reflected in a 4 ± 0.5% decrease in its intrinsic coefficient of adiabatic compressibility. Finally, we estimate the hydration, ΔShyd, and configurational, ΔSconf, contributions to the binding entropy, ΔSb. We find that the binding entropy is determined by the fine balance between the ΔShyd and ΔSconf terms. In general, we discuss insights that are derived from a combination of volumetric and structural properties, in particular, emphasizing how measured changes in volume and compressibility can be interpreted in terms of hydration and dynamic properties of EPAC1 in its apo- and holo-forms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».