Structure of the essential enzyme ThiM from the bacterium<i>Staphylococcus aureus</i>
Notice bibliographique
Résumé
The human Early B-cell fctor (EBF) family of transcription factors plays a variety of developmental roles [1].Roles for this four-member family of proteins (EBF1-4) include B-cell development in lymphopoiesis, neuronal development, osteogenesis, and adipogenesis.Furthermore, recent studies have started identifying the absence of expressed EBFs in different cancer forms such as leukemias (EBF1) and glioblastomas (EBF3), suggesting a new tumor suppressor role for EBF family members [2].The structured part of the EBFs is composed of a DNA binding domain (DBD), a TIG (transcription factor immunoglobulin) domain, and an atypical helix-loop-helix (HLH) region.An additional unstructured trans-activation domain is also present in the C-terminus.The EBF proteins show very high homology within the family over the whole structured part, consequently they can bind to specific DNA response elements as homo or hetero-dimers.Although the different domains have been, to a certain extent, biochemically characterized, no structural information was yet available for the EBF proteins.Structural data is of particular importance for this family since they share very low sequence similarity with other transcription factors.Using a domain approach, we have independently solved both the DBD and TIG+HLH domains of human EBF1 and EBF3, respectively.Despite low sequence similarity, the DBD structure reveals a striking resemblance to the DNA binding domains of the Rel homology superfamily of transcription factors.Interesting features of this domain include an atypical zinc binding site, termed Zn-knuckle, a region previously coined as important for specific DNA binding and transcriptional activation [3].The TIG+HLH domain reveals an interesting dimerisation motif likely involved in protein-protein interactions, with either family members or regulatory partners.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».