Conformational Preference of Fused Carbohydrate-Templated Proline Analogues—A Computational Study
Notice bibliographique
Résumé
The structure of fused C-glucosylproline hybrid (GlcProH) has been studied in detail computationally. A systematic molecular mechanics/Monte Carlo search has been performed in order to cover the entire conformational space of GlcProH. This has been followed by density-functional (DFT B3LYP) calculations in the gas phase and in aqueous solution, using the polarizable continuum model (PCM). In the gas phase, a large excess of the cis conformation with respect to the prolyl amide bond is found. This is reversed in aqueous solution where the calculations show 80% trans conformers, which is in accordance with experimental data. Thus, the PCM model is capable of accurately predicting cis-trans ratios. The free energy of solvation is not correlated with the dipole moment. Hence, a model (such as PCM) is required that takes into account the complete charge distribution. The reversal of the cis-trans ratio between gas phase and solution also emphasizes the effects of different free energies of solvation for the distinct conformers. Nevertheless, the energy difference between the cis and trans conformers is very small in solution (0.18 kcal/mol). Intramolecular hydrogen bonding is found to stabilize the cis conformers exclusively, which is a result of the rigid geometry of the fused rings. This can be contrasted to related more flexible molecules that show hydrogen bonding for both cis and trans isomers. The hydrogen bonding is at least partially responsible for the preferential stabilization of the cis conformers in the gas phase and a very small cis-trans energy difference in solution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».