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Enregistrement W2333695013 · doi:10.1021/bi500353p

Identifying the Elusive Sites of Tyrosyl Radicals in Cytochrome <i>c</i> Peroxidase: Implications for Oxidation of Substrates Bound at a Site Remote from the Heme

2014· article· en· W2333695013 sur OpenAlexaff
Kyle D. Miner, Thomas D. Pfister, Parisa Hosseinzadeh, Nadime Karaduman, Lynda J. Donald, P.C. Loewen, Yi Lu, Anabella Ivancich

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRedox biology and oxidative stress
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésPeroxidaseHemeCytochrome c peroxidaseRadicalChemistryCytochromeHemeproteinBiochemistryPhotochemistryEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The location of the Trp radical and the catalytic function of the [Fe(IV)═O Trp₁₉₁(•+)] intermediate in cytochrome c peroxidase (CcP) are well-established; however, the unambiguous identification of the site(s) for the formation of tyrosyl radical(s) and their possible biological roles remain elusive. We have now performed a systematic investigation of the location and reactivity of the Tyr radical(s) using multifrequency Electron Paramagnetic Resonance (EPR) spectroscopy combined with multiple-site Trp/Tyr mutations in CcP. Two tyrosines, Tyr71 and Tyr236, were identified as those contributing primarily to the EPR spectrum of the tyrosyl radical, recorded at 9 and 285 GHz. The EPR characterization also showed that the heme distal-side Trp51 is involved in the intramolecular electron transfer between Tyr71 and the heme and that formation of Tyr₇₁(•) and Tyr₂₃₆(•) is independent of the [Fe(IV)═O Trp₁₉₁(•+)] intermediate. Tyr71 is located in an optimal position to mediate the oxidation of substrates binding at a site, more than 20 Å from the heme, which has been reported recently in the crystal structures of CcP with bound guaicol and phenol [Murphy, E. J., et al. (2012) FEBS J. 279, 1632-1639]. The possibility of discriminating the radical intermediates by their EPR spectra allowed us to identify Tyr₇₁(•) as the reactive species with the guaiacol substrate. Our assignment of the surface-exposed Tyr236 as the other radical site agrees well with previous studies based on MNP labeling and protein cross-linking [Tsaprailis, G., and English, A. M. (2003) JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 8, 248-255] and on its covalent modification upon reaction of W191G CcP with 2-aminotriazole [Musah, R. A., and Goodin, D. B. (1997) Biochemistry 36, 11665-11674]. Accordingly, while Tyr71 acts as a true reactive intermediate for the oxidation of certain small substrates that bind at a site remote from the heme, the surface-exposed Tyr236 would be more likely related to oxidative stress signaling, as previously proposed. Our findings reinforce the view that CcP is the monofunctional peroxidase that most closely resembles its ancestor enzymes, the catalase-peroxidases, in terms of the higher complexity of the peroxidase reaction [Colin, J., et al. (2009) J. Am. Chem. Soc. 131, 8557-8563]. The strategy used to identify the elusive Tyr radical sites in CcP may be applied to other heme enzymes containing a large number of Tyr and Trp residues and for which Tyr (or Trp) radicals have been proposed to be involved in their peroxidase or peroxidase-like reaction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,043
Score d'incertitude au seuil0,406

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,290
Écart entre enseignants0,272 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations26
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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