Pressure-Dependent Properties of Elementary Hydrophobic Interactions: Ramifications for Activation Properties of Protein Folding
Notice bibliographique
Résumé
Hydration effects on a pair of methane molecules are investigated by extensive constant-pressure (NPT) sampling using the TIP4P model of water under 1, 1000, 2000, and 3000 atm. The volume distributions of pure water and of methanes plus water are determined directly as functions of methane-methane distance ξ. The corresponding excess isothermal and adiabatic compressibilities are estimated from the pressure-dependent methane excess volume. The dependence of excess volume on ξ is oscillatory for small ξ. The maxima of excess volume and compressibility are seen near the desolvation barrier (db) of the potential of mean force (PMF). These features may be understood by the development, near the db, of a void volume encased by a molecular (Connolly) surface defined using a water-sized probe. These db properties for two methanes are consistent with well-corroborated experimental observations of positive activation volumes for protein folding and some experiments suggesting a slightly higher compressibility for the folding transition state than the unfolded state. At high pressures, the volumes at the PMF solvent-separated minimum and the contact-minimum configurations are both smaller than the volume at large ξ. This trend provides a rationalization for the compactness of pressure-denatured states of proteins. Taking the packing densities of pure nonpolar phases into consideration, our simulation results suggest that whether the activation volume of unfolding is positive or negative hinges on the packing compactness of the protein core. Volume change can be but is not necessarily monotonic along the folding pathway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».