Abstract 3163: ZMAT3, a signature gene for sporadic osteosarcoma.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Osteosarcoma (OS) is a primary bone malignancy with high incidence in children and young adults. It frequently occurs in patients with strong cancer history (Li-Fraumeni syndrome, retinoblastoma), but the etiology of sporadic OS is still uncertain. The present study is an intensive investigation on susceptibility to sporadic osteosarcoma by genome wide copy number analysis. We evaluated the hypothesis that germline copy number variants (CNVs) could act as a source of genetic susceptibility that may contribute to the development of sporadic osteosarcoma. We analyzed 78 sporadic pediatric OS cases and 2375 controls using Affymetrix SNP 6.0 Array. Two independent methods, Genotyping Console™ (Affymetrix) and Birdsuite (Broad Institute) were employed to call for CNVs. Outliers with large genomic alterations and TP53 mutations were flagged and filtered out. Both bioinformatics methods show similar distribution of CNVs per chromosome, with slightly higher range depicted by Genotyping Console™, with an enriched set of CNVs in the diseased data. Bioinformatics analysis predicts overlap of copy number variable regions with several candidate genes (PIK3CA, STK11, AKT3, ZMAT3, BAI1), for selected samples. We validated these findings by performing real time quantitative PCR experiments that not only verified most of the computational results, but also identified more amplifications, in an extended selection of samples and regions. The most affected candidate gene, showing gain in 66% of osteosarcoma samples tested, is ZMAT3 (Chr. 3q26.32). A very recent method, digital droplet PCR (BioRAD), with very high sensitivity, also confirms qPCR results, although for a smaller number of samples. In addition to calling for CNVs, pathways analyses have been also pursued, to address the hypothesis that disruption of multiple genes from the same pathway in the germline of a particular individual may cause susceptibility for developing osteosarcoma. DAVID software predicted several pathways that are enriched, p53 being one of them. Further investigations by KEGG suggest that several genes, including ZMAT3, are disrupted in the p53 signaling pathway. In order to validate these findings, functional assays on osteosarcoma derived lymphoblastoid cell lines are designed and currently in progress. In all, the current study suggests that ZMAT3 could represent a good candidate signature gene for susceptibility to sporadic osteosarcoma. Citation Format: Cristina Baciu, Rinnat Porat, Margaret Pienkowska, Noa Alon, Jonathan Wasserman, David Malkin. ZMAT3, a signature gene for sporadic osteosarcoma. [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 3163. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-3163
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».