Modular structure of receptor binding proteins from<i>Lactococcus lactis</i>phages
Notice bibliographique
Résumé
Alpha-2,8-linked polysialic acid (polySia) is an important mediator of cellular motility and functional plasticity in the vertebrate brain and has implications in tumor metastasis.PolySia is also a common cell wall modification of pathogenic prokaryotes like Escherichia coli K1 and Neisseria meningitides serogroup B that cause meningitis and severe sepsis in humans.The only known source for enzymes that specifically degrade polySia are E. coli K1 specific bacteriophages.They possess endosialidases as host specificity determining tailspike proteins required to digest the bacterial polySia capsule during infection.We now determined several crystal structures of active site mutants of an endosialidase cloned from bacteriophage K1F (endoNF) in complex with oligomeric sialic acid.The structures have been refined to resolutions up to 1.5 Å.A well defined electron density map of oligomeric sialic acid could be observed for three binding sites, one of which is located in the active site cleft.The complex structure confirms the helical conformation of polySia and supports the model of a substrate assisted catalytic mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».